一切都由一本科幻小说引起。小说家杨匡（刘兆铭 饰）的科幻小说里描述了一种改造新人类的方法，那就是抽取人类的脑细胞，加以改造，以此甚至能控制被改造者的思想。这一切看似荒诞的想法，竟被一个阴谋控制全世界的富商看中。他出资建立了实验室，招募了一批手下，将杨匡捉了去做实验。后来，杨匡逃了出来，被人送到医院。医生原振侠（黎明 饰）武功高强，为人正义，他发现杨匡十分沉默寡言，目光呆滞，经常用水清洗双手。杨匡的反常的表现引起了原振侠的注意，他和护士彩云（朱茵 饰）决心找出杨匡背后隐藏的秘密。
洪七公（魏骏杰 饰）原是含着金汤匙出生的富家子弟，然而不满丰衣足食之生活，喜欢四海结交好友，更同丐帮众人交往甚密。丐帮表面平和，内里却分为“净衣”和“污衣”两派，两派之间斗争日益激烈，洪七因爱上了净衣派长老的女儿程雪芯（黄晓燕 饰）而被卷入了斗争之中。 段智兴（郑伊健 饰）从小和母亲相依为命，长大后，受母亲所托，他千里迢迢来到云南，只为了寻找生父段王爷。然而，段王爷的弟弟策划了一个阴谋，使得段智兴的母亲最终为救段王爷而命丧黄泉，段智兴因此记恨父亲。洪七公和段智兴是结识多年的好友，彼此之间结下了坚实的友谊，之后却因为《武穆遗书》和奸人挑拨而产生误会，反目成仇。
秦朝末年，苛捐杂税重如山，民不聊生。富家千金吕雉（张可颐 饰）虽为女儿身，却胸怀大志，女扮男装外出寻找有志之士。她发现了时任泗水亭长刘邦（郑少秋 饰）宅心仁厚，对他渐渐生出好感。项羽（江华 饰）密谋起义，为了招揽黥面贼英布，单枪匹马闯入秦军军中将英布的仇人将领赵常斩杀，终于将英布收到帐下。刘邦发现了项羽的秘密。项羽本来想杀他灭口，但刘邦却对他表现得十分敬畏，哭诉了暴秦令人民生活凄苦，因此愿为他效力推翻暴君。于是项羽被感动了，决定招揽他，两人更以兄弟相称。随后，吕雉主动嫁给了刘邦，她知道自己将会辅助刘邦成就大业。 秦始皇病逝，赵高扶立秦二世，秦二世荒淫无度，更引得天下大乱，群雄并起。项羽时势造英雄，终于揭竿起义了！
金世遗一位生逢乱世的天涯孤客，亦正亦邪，人称“毒手疯丐”他处身于瞬息万变的江湖上，目睹的倾覆杀戳，被牵涉进朝廷的旋涡里，同时也被卷入武林中的大风暴，魔头和正道盟主之剧战。故事开始，明世宗为巩固朝廷政权，也为报父武宗之仇，向江湖武林人士进行迫害，利用武林盟主唐晓兰传位之日，暗中挑起江湖纷争，金世遗洞悉世宗之谋，欲向唐揭露之，唯唐因不欲武林大动干戈，惹怒世宗，不理金之提示，金独断独行，向武林正邪两派展开挑战，惹来不休止的江湖恩怨。
恶霸奸人坚（黄子华 饰）是广州旗下街的一霸，他虽然不学无术，但仗着奸诈的脑袋，多年来聚集起一众无赖，横行旗下街。这日奸人坚打着“打败广东十虎黄麒英”的招牌招摇过市时，被初来广州的黄飞鸿（林嘉华 饰）见到，为了帮父亲出口气，飞鸿教训了奸人坚一顿，令奸人坚好不丢脸。随后，奸人坚为了争回一口气，偷走了飞鸿父亲黄麒英的神位，并在再次挑战飞鸿时用它来作挡箭牌威胁他，终于打败了飞鸿出了一口恶气，而飞鸿则被众人认为是懦夫。 警察厅厅长认为旗下街的一间姑婆屋档了他的官运，欲除之而后快，于是找来奸人坚帮他去收回姑婆屋。姑婆屋的主人是刚才南洋归来的阿翠（叶童 饰），这是她买来供一班姑婆们养老用的。奸人坚用尽办法和阿翠斗气都没有拿到姑婆屋的屋契，于是，一条毒计又诞生了。
卧底探员陈凤翔（陈小春 饰）在破获一宗社团大案之后，转任文职八年被反黑组重新招回。由于江湖上最令人头痛的黑社会头目正是陈凤翔当年的小弟张志强，陈重出“江湖”，加入以张少钧（陈国坤 饰）为首的反黑B1-1组与新晋恶棍展开周旋，其中不乏昔日好友与仇家，令陈一度进退两难，好在陈与队友在合作期间培养出互信默契。正值香港回归还有三年，黑帮打算乘势大干一票。陈在调查一宗龙头棍的失踪案件时，却发现了涉及香港黑社会百年历史的惊天大阴谋。
明朝洪武年间，良材县农官陈忠之女陈细妹（郑希怡 饰）继承了亡父的遗志，从小便有锄强扶弱之心，义字当头，成为良材县人见人爱的女护农。大利米店老板谢苍天（夏雨 饰）为感激圣上御赐九龙白玉碗，而将其子取名为谢皇上（马浚伟 饰）。谢皇上文采风流，自恃聪明绝顶，势要成为良材县为民请命的好官。谢苍天虽唯利是图，但为圆其子心愿，不惜重金捐官，让谢皇上当上了农官，还聘请了发誓不说话的师爷戴从文（黎耀祥 饰）和几名恶衙差给他。戴从文才高八斗，料事如神。在他的帮助下，谢皇上屡破奇案，两人惺惺相惜，合作默契，关系更为密切。此后，谢皇上接受戴从文的建议消解了与陈细妹的误会，并聘请她作为女护农。
又是新一届投靠谈判专家的时候，无心插柳的杨光（张智霖 饰）与有心栽花的叶可人（文颂娴 饰）也在这支大军中。他们的老师分别是警界明星彭国栋（欧阳震华 饰）和女强人简洁（郭可盈 饰）。杨光表面上是富家子弟，实际生母在家中并无地位，于是形成了他得过且过，开心就好的性格。这种性格深被为人自负的彭国栋所反感，培训过程中摩擦不断。然而胆子很小的可人则因为害怕国栋影响了正常的发挥。简洁平日专注工作，没有时间陪伴丈夫家聪（陈豪 饰），不料到同样寂寞的国栋的妻子与家聪发生了婚外情。对丈夫一往情深的简洁不能接受这样的局面，提出离婚。无奈离婚后方发现自己怀孕。而同样离婚结局的国栋在一次工作中受伤，从此只能靠轮椅代步。这些事情均改变了二人原本的性格缺憾，他们渐渐走近。
渔民古大牛﹝石坚﹞与儿子古阿细﹝张雷﹞及伙记等捕鱼后准备上岸，从收音机得悉附近有一渔船沉没，众议论纷纷之际，阿细突发现一人浮沉于海中，众人遂合力将之救起，原来此人原是越南华侨难民江谅生﹝朱江﹞。谅生在越南原是银行贷款员，与妻及儿子乘船偷渡来港欲到美国发展，在海难期间与妻儿失散，二人生死未卜。 大牛得悉谅生身世后，决定暂时将他安顿在家，并嘱咐谅生尽快联络其在美国的家人。寄住古家期间，大牛幼女古阿花﹝欧阳佩珊﹞，经常借故亲近，大牛看在眼里甚感不妥。谅生亦明白自己在古家，甚至香港乃过客身分，遂决定离开古家，向外一闯。究竟心感怀才不遇的谅生，最后能否凭自己的实力在香港立足，在这个动荡的年代找到人生中理想的安居之所呢？
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
剧集分为八个单元故事，讲述马德钟所演的非常检控观带领一众团队，透过非一般的手法，为受害人寻求公义，带出非常检控观念。
金燕（汪明荃 饰）、阿凤和阿娇是上海有名的“三朵金花”。金燕与生意商人龙哥相恋，金燕更有了龙哥的孩子，岂料这时龙哥被人污蔑为汉奸，判了死罪。金燕回到乡产下儿子，然后独自回城继续她的演艺生涯。岂料日军飞机来袭，等金燕赶回乡时，家里已变成一片废墟，儿子亦失踪了。时过十多年，“三朵金花”亦躲避战乱来到了香港。金燕和阿娇组建了歌艺团培养徒弟四出演出谋生，而阿凤则嫁了夜总会老板常升，过起了少奶奶的生活。由乡下来港闯荡的罗带弟（郭晋安 饰）报名参加歌唱比赛，因参赛表格必须填师傅的名字，于是罗带弟就填了金燕的名字。岂料罗带弟一举夺冠，更是红遍了香港，取艺名凌丰。金燕认为凌丰用她的名字出名，而凌丰则认为金燕倚老卖老，两人一直互相斗气。其实凌丰就是当年金燕失散的儿子，被香港附件的一户村民收养。 同村和凌丰青梅竹马的大舌头阿兰（佘诗曼 饰）也来到香港谋生，得到凌丰关照在夜总会做清洁工。凌丰和金燕打赌如果她能培养出一个歌唱比赛冠军就斟茶认错，如果不能金燕则要退休。阿兰天生具有十分好的唱歌潜质，可惜她是大舌头，咬字不清。凌丰用计骗了金燕收阿兰做徒弟，等着下一届唱歌比赛时看她出丑。凌丰、金燕这对母子冤家能否最终相认？
故事发生在民国初年，潘家世代经营着永泰隆丝绸厂，在当地家大业大，根基稳固。潘家显（麦长青 饰）虽然身为长子，却因为能力不足个性软弱而无法承担家业，反而是妹妹潘巧儿（康华 饰）巾帼不让须眉，肩负着沉重的责任，将一切打理的井井有条。三子潘家扬（马浚伟 饰）深受父亲的喜爱，却一心沉迷于研究医学，早已离家。 冼碧云（邵美琪 饰）是潘巧儿手下的女工，亦和潘家显有着一段尘封的感情。只是最后，懦弱的潘家显选择顺从父母之命，迎娶了富家小姐杨艳桃（叶翠翠 饰）。某日，久无音信的潘家扬忽然现身，推动了潘家命运的齿轮，就在大家沉浸在潘家扬回归的喜悦之中时，等待着众人的却是潘巧儿冰冷的尸体。
