故事讲述了深陷心魔的刑警罗飞和游戏人间的天才催眠师陆风平，两人为了找出十年前共同被牵扯进的悬案真相，联手破获了一系列催眠术杀人的案件，最终揪出背后的神秘组织，在这个过程当中，两人由相互猜忌对立到最后亦兄亦弟，共同成长。
该剧主要讲述了第九医院的神经内科主任丁学坤意外身亡，远在瑞典留学的精英西医儿子丁远志与多年在外的中医学徒韩西林回到九院，共同调查死因真相的故事。在追求真相和救死扶伤的过程中，两个年轻医护工作者从最初的磨合到最终彼此放下隔阂，相互扶持，将传统中医诊疗手段和现代西医技术有机结合，解决了诸多疑难杂症。两人致力于弘扬中医药文化、推进中西医结合创新诊疗，共同历经了坚守与成长。
第2部中多出的几位女兵——卫生队的闫护士长（闫妮）、卫生员小姚（姚晨）和小张（张乔玫）——在本部里戏份虽然依旧不多，却无疑是女主角，正是这几朵鲜花的陪衬，炊事班的班长胖洪（洪剑涛）、副班长老高（范明）、采购员大周（周小斌）、爱耍小性的小毛（毛孩）、酸秀才帅胡（沙溢）及馋鬼小姜（姜超）等6个光棍才更讨观众喜欢。 除了平日生活中的小事，本部还说及老高、大周、胖洪等即将退伍的战士的爱情与就业问题，展示了原是新兵的帅胡、小毛及小姜逐渐蜕变成熟的过程。后部分更是多出一个性格上与老高几乎是兄弟、但外貌上与他是仇敌的王班副（王磊）。
1936年，山西董家生产的熟铜成为兵家必争的战略物资，日军因此展开了“樱花计划”。董家二少董守旺在危机关头劫富济贫，却无意中破坏了地下党组织的购买熟铜的计划。中共地下党员齐颖临危受命，想要通过与董守旺的同学之谊完成计划。董守旺因爱慕齐颖而全力援手，过程中却发现齐颖之父马其隆等人与董父之死有直接关系，愤怒中行刺却落入对方陷阱。齐颖和董守旺的精神教父关建云冒着生命危险将其救出，关建云因此遇害。董守旺悲痛之余放下家仇，协助齐颖为抗日先遣队谋取熟铜和枪支弹药。两人逐渐从冤家到相依相帮，历经磨难，立下奇功，最终不得不炸毁矿场和兵工厂，宁可远离家乡，也不做亡国奴。在齐颖引导下，董守旺终于从一个放荡不羁的纨绔子弟成长为一名坚定的抗日战士。
死亡通知单的再度出世打破了罗飞的平静生活。专案组重新集结，双方的较量再度开始。与此同时，龙宇集团被新兴势力残酷打压，阿华靠一己之力，死守邓家的产业。几大集团斗得你死我活，岂料罗飞早已周旋其间，设下了重重连环计……另一边，薛天的监狱生活也并不平静，一支神秘的铅笔丢失，引发了监狱残酷大排查，就在警方一无所获时，血案发生了……一场惊天阴谋也悄然登场。罗飞、Darker、阿华，三方的终极角逐即将开始，隐藏在幕后的真相逐渐露出冰山一角……
