该剧主要讲述了环境资源法官罗远、法庭顾问夏未冬等一批锐意有为的司法工作者在一连串环保案件中扫黑除恶明法、打击污染犯罪、维护环境生态、探索司法改革、捍卫公众权益的故事。作为中国首部环保司法题材剧，剧集聚焦长江流域环境保护司法实践的精彩案例，讲述环境资源审判的“中国故事”。影片编创团队希望用这样一部故事背景源自生活、视角兼顾官方和民间的现实主义大剧，来吸引社会各界的关注，借此展示环保司法改革之路的艰辛，推广绿色发展理念，增强民众环保意识。
故事从1978年讲起，陈福生（滕汝骏 饰）是一名电影放映员，育有一子名为陈焕（许亚军 饰）。干部林汉民（韩小磊 饰）是陈福生的邻居，而他的女儿林平平（原华 饰）和陈焕则是从小玩到大的青梅竹马。在文革中，林汉民蒙冤受罚，而品学兼优的林平平亦因为父亲的政治问题无缘理想中的大学，与此同时，陈焕被师范大学录取，两人从此渐行渐远。 之后，林汉民的冤屈遭到了平反，之后，林平平进入了北京大学深造，而她和陈焕之间的缘分亦遭受着种种考验。时间如流水一般静静流淌，在时代车轮飞速向前旋转的同时，陈家和林家，这些小人物的命运被迫裹挟在轮下，不断向前。
2005年深秋，清晨，座落在黄河边的古城南山市。一声枪响，一个健壮的身躯倒下了。清早起来拾垃圾的女孩毛毛目睹这一幕，她将自杀的财物清洗一空，却发现“死人”的手指在微微抖动。 南山市警方接到报案，外逃多年的重犯赵波神秘出现在城乡结合部，而另一边，“霸业”公司里则急成了热锅上的蚂蚁，老板邱兆强没想到刚刚从外地请过来的两个“刀客”意外失手。 在邱兆强寻找姚晓峰的同时，乔装的姚晓峰已经声明了霸业公司的办公楼，枪就直接顶在了邱兆强的鼻子底下，可关键时刻，姚晓峰的头疼发作，功亏一篑。姚晓峰趁乱逃走。接到报案的刑警队赶到了霸业公司。双方彼此心里明白，但都不点破。寻找姚晓峰的毛毛凭着线索找到了“霸业”公司，邱兆强狭持了毛毛，逼迫姚晓峰出现。幸亏艾沫沫凭着自己的轴劲儿，先一步发现了毛毛被绑架的藏匿地，击毙晓杰，救出了毛毛。于鸿洲终于掌握了邱兆强犯罪的直接证据，拘捕令下达，全市范围内严密封锁起来，追捕邱兆强。 搜捕的第二天，邱兆强突然出现在市局里，束手就擒。唯一的要求是开庭前保护自己的安全。癌变的剧痛折磨着于鸿洲，姚晓峰也被颅骨里的子弹煎熬。于鸿洲让刑警队放出风声邱兆强将被押往省检察院受审，准备把姚晓峰钓出来，他在弹匣里押上唯一的一颗子弹。
书生宁楚生沦落为纨绔公子们的陪读，在寻花问柳之时，他与小倩偶然相识。当小倩发现宁楚生并不是用情不专的坏男人时，她决定背叛雪妖。经历一道道磨难后，她和宁楚生的感情逐渐升温。随着宁母的出现，宁楚生和小倩的爱情遭遇巨大阻力，而宁楚生的真实身份也成了待解之谜，他们的爱情又将走向何处
八十年代梁鼎文（任达华饰）接过父亲梁恒（李立群饰）经营的梁记饼店，父亲梁恒和儿子梁家栋（冉旭饰）突发重病，台风灾难接踵而至，弟弟又惹下大祸，妻子宋曼琴（江珊饰）穷极无路，将梁家大屋卖给了觊觎大屋的苏耀庭。梁鼎文大怒将宋曼琴逐出家门，认为其受了苏耀庭之子苏林的蛊惑，宋曼琴悲恨离开。多年后苏耀庭离世，苏林与宋曼琴回到澳门，宋曼琴和梁鼎文因孩子抚养权的问题再生间隙。随着1999年澳门回归，梁鼎文带领一家人历经磨难，日子步入正轨。几年后梁舒（董洁饰）、梁家栋、陈小帅（董晨饰）这几个孩子都已长大成人，大陆建筑设计师文扬（邓飞饰 ）因工作原因寄宿到梁家，文扬与梁舒暗生情愫。梁记出现竞争对手，梁舒助梁记渡过了难关。大澳集团突遇破产危机，苏家梁家为此四处奔波，两家终于冰释前嫌，苏林也归还了梁家大屋房契。台风的到来让梁鼎文与韩雅琪（柯蓝饰）患难见真情，终于喜结连理。转眼间澳门迎来了回归二十周年，梁舒文扬同年举办婚礼。
