不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中！
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
古代金陵城，寇将军的护卫猫展嗷（图特哈蒙 配音）因将军牺牲而失去斗志沦落成流浪猫。不久后城中发生数起人变兽的诡异案件，甚至太子（刘校妤 配音）也离奇失踪，流浪猫展嗷卷入其中。少年包拯（马正阳 配音）追踪调查并照顾受伤的展嗷，他们搭档锦毛鼠（张璐 配音）和寇将军之女寇珠（朱祎 配音）找到幕后真凶，揭穿了巨大阴谋。
世界闻名的凯达博士驾驶自制的时间飞船试飞时，意外发现了W宝石和鹦鹉梦梦。W宝石也引来了虎视眈眈的敌人妖尼、格鲁和发沙的觊觎。在这之后，凯达博士带领着助手丹平（太田淑子 配音）和淳子（冈本茉莉 配音）机器人小精灵及鹦鹉梦梦，驾驶着时间飞船游走于历史各个时代寻找W宝石。他们的敌人妖尼一伙也乘着时间飞船跟博士他们抢夺W宝石。在他们的激战中，邪恶的妖尼一伙屡次要释放炸弹把博士他们炸死，但每每失手，炸弹每次都落到他们自己头上。每次辛苦找到的W宝石，不知道为何都会变成普通的石头，可怜的妖尼只能望着星空悲叹......
为了节目效果，方宁请来便宜剧组，准备在公主坟直播过夜，却没想到直播中途出了事。方宁误把女鬼当剧组女演员，直接求婚了！现在对方当真了怎么办？！在线等，急急急！
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
