从路人角色开始的探索英雄谭

　　神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。

　　故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
　　然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
　　在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。
　　而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……
　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———
　　所有的答案，都在「Link Vrains」中

以现代日本为背景，描绘忍者与极道之间激烈对抗的动作漫画。1657 年，在明历大火的背后，由幕后江户守护者神赛惨蔵与始祖极道、江户第一任侠幡随院长兵卫的死斗引发的忍者与极道的宿怨，至今仍在延续。极道，既是那些被社会孤立之人的唯一归宿，同时也因犯下诸多恶行而屡遭企图消灭极道的忍者袭击。
　　竹本组的“幕后组长”兼“破坏之八极道”成员之一辉村极道，为了彻底消灭忍者，使用了一种能异常强化身体能力的毒品——“地狱回数券”，并在东京各处制造引人注目的骚乱，以此引诱察觉恶行而来的忍者。在这场骚乱中，一个不受法律与权力束缚、致力于阻止极道恶行的忍者团体“帝都八忍”中的一员被杀，包括“多仲忍者”在内的同伴们燃起了对极道的复仇之火。
　　另一方面，表面上过着高中生生活的少年“忍者（忍叶）”和表面上作为精英上班族生活的青年“极道（极美）”，因女童向动画《公主系列》的话题而意气相投，在彼此不知对方真实身份是“忍者与极道”的情况下建立了友谊。

　　时间是1968年，当学生运动愈演愈烈之际，某大学的医学部出现了一个奇怪的男子。他有着黑白相间的头发，全身到处都是伤痕，而带着伤疤的脸也成为注册商标。这个男人为了获得医师资格证而学习，他的名字是间黑男，并且他通过自己天才的能力，创造了无数的奇迹。并且被后人称为黑杰克。

本季围绕王者大陆中的长安城，从新人云缨加入大理寺开始，她与李元芳携手执行任务，逐步揭开尧天组织的神秘面纱。尽管大理寺与尧天组织的成员们分属不同阵营，但他们都在以??的?式守护着长安，追求着?中的正义。