山语国际学校的学生罗大威，痴迷于研究不可思议现象并成立了兴趣小组，立志帮人们解决任何不可思议现象。大威在调查身边的奇怪现象时认识了来自奥奇世界的精灵小诺，并得知魔界的统治者暗影大帝带着暗黑军团大举入侵奥奇世界，破坏了奥奇世界上连接人类世界和奥奇世界的时间介质，使奥奇世界陷入混乱。 小诺告诉大威他是被选中的AQ少年，只有找到存在人类世界的另一半时间介质--时间摆钟才能开启通往奥奇世界的时间之门，拯救奥奇世界。而在此时一个神秘人给大威他们提供了时间摆钟的线索……
故事发生在民国初期，廖思成（刘小锋 饰）和方天翼（张若昀 饰）是富商顾汉森收养的义子，两人和顾汉森的亲生女儿顾婷（吴婷 饰）一同长大，彼此之间情谊十分深厚。从黄埔军校毕业之后，廖思成前往日本深造，在此期间，他邂逅了美丽的日本女子大岛由美（章雯淇 饰），两人相知相恋，无奈九一八事变爆发，廖思成告别了爱人，回到了祖国。 那一边，勇敢聪慧的方天翼深受戴笠（吴秀波 饰）的喜爱和信赖，戴笠赋予了他“黑狐”的代号，隐藏在此假面之下，方天翼在顾婷和同僚俞梅（李曼 饰）的帮助下，同日本人和汉奸斗智斗勇，可实际上，俞梅和廖思成一样，是隶属于中国共产党的地下党员。
民国十二年，庭州酒业大亨易家的二少奶奶暴毙，易家咬定二儿媳是被当地名医冷秉坤滥用药物害死，买通警局将他收押。冷如意惊闻父亲锒铛入狱，四处求助未果，家中药铺又继而被砸，如意走投无路，无奈答应易家提出的条件——以冲喜名义嫁给刚刚丧妻的病秧子二少爷易思文，本想做缓兵之计，以换得父亲平安，殊不知，此乃易家千日酒坊为获得冷家祖传的药酒秘方所设之局。虽做好了心理准备，但大宅院的冷漠还是让如意无法适应：长年卧病在床的丈夫思文对她视而不见，公公严厉钻营，婆婆表面吃斋念佛实则哀怨狠辣，长嫂对如意姐妹相称却如敌相对，小姑子古怪刁钻与其争风吃醋，半夜里神秘老屋里常有疯女人发出凄厉叫声，加上各种古板苛刻的规矩，一切的一切都令如意压抑得想要逃离。在这样错综复杂的大宅院中，如意将如何处理好各种繁杂的关系，找到自己的位置？她能否解开大宅中每个人的心结，治好他们的心病？老屋中的疯女人又是谁，这背后有什么隐情？她和丈夫思文的关系又会如何发展？昔日的恋人陆少琪留学归来，得知事情原委，放下大好前程到易家酒坊做了主管，准备找机会带如意离开。一边是拜过天地情愫渐生的丈夫，一边是待之情深意重的恋人，如意该如何选择？军阀肆虐，酒坊倒闭，民不聊生，易老爷痛失长子，临危受命，将酒坊托付給了如意和思文。如意能否不计前嫌，破除军阀的压迫，赶跑恶势力，重振千日酒坊？在滚滚的历史洪流中，如意又将铸就怎样的传奇？
赵一民的婚前恋人韩雪领着儿子找来，经亲子鉴定，确定儿子是他的。可是赵一民曾被妻子方圆圆的表哥马向前大夫诊断为患有不孕症，他和妻子为此还领养了女儿萌萌。赵一民因被妻子欺骗而愤怒，二人因此离婚。韩雪动起了再嫁赵一民的念头。而方圆圆也后悔了，她想破镜重圆。马向前的前妻满江红突然出现，她来向马向前要女儿。当年二人结婚不久便离了婚，满江红瞒着马向前生下女儿。她们的女儿就是萌萌。方圆圆在与韩雪的较量中，反复受挫，意欲退出。男青年郑雨时的出现，又给了方圆圆一线复婚的希望，因为郑雨时一直执着地暗恋着韩雪……在经历了猜忌、迷惑的种种之后，最终每个人都找到了属于自己的生活轨迹。
张漾（郑凯 饰）和李珥（米咪 饰）之间的感情最终还是以分手告终，之后，稍稍平复了心绪的李珥来到了天中，成为了那里的一名老师。李珥不拘小节大大咧咧的作风吸引了男生段柏文（陈哲远 饰）的注意，在他的内心里播种下了懵懂的种子。 于池子（李兰迪 饰）是段柏文青梅竹马的好友，然而，她对后者的感情早就已经超越了友谊，只是于池子选择将这份爱恋深深的埋藏在心底。一次偶然之中，于池子发现自己最好的朋友斯嘉丽（余芷慧 饰）和段柏文之间似乎有着说不清道不明的关系。愤怒和绝望之中，深感遭到背叛的于池子决定向斯嘉丽复仇，让她也尝一尝痛苦的滋味。
1955年，国际局势风云变幻，新中国的建设迫在眉睫，身处他乡的中国知识分子中掀起了一股归国热潮。留美物理学教授钟培林，留苏深造的王怀民、何吟薇夫妇和黄凯华等物理人才克服重重阻力，辗转踏上报国之路。1958年中国的第一个核武器研究机构A所成立，王怀民与战争英雄陶志纲、护士杨佳蓉以及彭雄飞、黄凯华、钟心等科学家一同加入A所开始了原子弹研发工作。他们在研发过程中渡过了研发条件艰苦、自然灾害等重重危机。终于在1964年10月16日成功试爆了中国首颗原子弹。大家欢腾雀跃，又一鼓作气地投入到氢弹和两弹结合的研究中去，不久，这两项伟大的事业也相继取得了胜利。王怀民和杨佳蓉，陶志纲和钟心也终于在同一天迈入了婚姻的殿堂。1978年，科学的春天终于到来，王怀民却因积劳成疾将不久于世。医院里，他用尽力气，在民用核电报告的扉页上写下了他们几个人的名字。
小贤（陈赫 饰）和一菲（娄艺潇 饰）的事业都开始走上正轨，但互相之间的感情依然磕磕绊绊。而子乔（孙艺洲 饰）和美嘉（李金铭 饰）之间虽然做回了男女朋友，但吕子乔的花心本性并不改，貌似还是喜欢去泡妞，着实让美嘉头疼。关谷（王传君 饰）的事业蒸蒸日上，但是和悠悠（邓家佳 饰）之间也还是偶有嫌隙。展博（金世佳 饰）对于宛瑜依旧难以忘怀，但也重新开始寻找新的伴侣。张伟（李佳航 饰）的事业终于迎来春天，即将结婚，并且回到了爱情公寓。 大家在爱情公寓里一起经过了那么多年，那么多事，每一个人都开始渐渐明白自己的生活方向和彼此在自己心中的位置。 不仅仅有相互之间的调侃、戏谑、捉弄，也更多了份相互鼓励、帮助、扶持。有美好，有欢笑；有失落，有惆怅；有努力，有奋斗，爱情公寓一如既往的见证了大家的青春与成长，无论是一菲、小贤、关谷、悠悠、子乔、美嘉、益达还是展博，大家的故事还在继续……
真正的爱情不是占有，而是只要你能够幸福，我怎么样都可以。门不当户不对的爱情终究还是要被家人拆散，可是我对你的爱，胜过我自己，更胜过自己的命……一场车祸，让曾经相爱的两个人，缘分走到了尽头。一场失忆，让两个曾经相爱的人，彼此爱着对方却另娶她人。冥冥之中我就记得：我记得我爱过……重回记忆的两个人该如何面对，该何去何从？
