故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
该剧将探索蝙蝠侠的黑暗根源，同时更深入地挖掘那些标志性角色的心理。
故事发生在日本北关东的眉难市，毫无干劲一点也不像年轻人的修善寺镜太郎（下鹤直幸 配音）、虽然看起来非常的元气但意外的毫无意志力的雾岛龙马（石井孝英 配音）、拥有超级丰富的脑内知识库的行走活字典万座太子（安田陆矢 配音）、和无论做什么事情都会全力以赴的道后一六（叶山翔太 配音），这四个非常不靠谱的高中男生组成了“地球防卫部”。 虽然顶着听上去非常厉害的名头，但实际上，每次部活大家都是什么也不做，非常悠闲懒散的插科打诨。一天，在一场意外之中，一位名叫卡鲁鲁斯（江口拓也 配音）的异世界美少年在误打误撞之中来到了地球防卫部。
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
黑白龙狼传以史艳文大战藏镜人为开场，接着黑白郎君登场，以一气化九百此招收化运发接下了史艳文和藏镜人的最强绝招，三人此战之后失踪。东瀛西剑流再度入侵中原，在鹰燕龙虎榜中就曾侵略中原。史艳文之子小空被东瀛西剑流所抓，小空的二哥雪山银燕为了救小空，而和东瀛西剑流为敌。史艳文很早就失踪，史艳文的大儿子俏如来（史精忠）闭关修练，。史艳文之二儿子小空（史仗义）被东瀛西剑流所抓，鹰女（史菁菁，史艳文之女儿）剧中好像没提到她的下落，中原正道只剩下雪山银燕（史存孝，史艳文之三儿子）和云十方苦苦支撑。雪山银燕之师兄剑无极武功相当高强，所使用的剑法是日本西剑流第一剑者宫本总司的无极剑法。剑无极和雪山银燕其师父是否为宫本总司？雪山银燕能否救出小空，中原和东瀛西剑流未来将会如何。
202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
