故事延续上一季，女神捕沈君夜升入京城后，跟随神捕司统领李成器，破获多起悬案，最后竟意外得知，李成器是自己的未婚夫婿路小白假扮。两人率领神捕司众人，与邪恶组织千刃斗智斗勇，历经艰险，终于将为祸不浅的千刃彻底铲除，有情人终成眷属。
一桩焚尸旧案被重查，基层民警陈江河（段奕宏 饰）也被紧急调回。当他再次进入小城，搅局的骗子、撒谎的真凶、复仇的牺牲者，犹如一场沙尘暴将他笼罩其中。但他坚信罪恶皆有源，再大的风暴也终会平息，天地总会恢复澄澈。
根据纵横文学作家墨春花同名小说改编，讲述了定庄集团的掌权人——顾灵色，与未来集团的傀儡总裁——叶承枢，决定协议订婚99天。在顾灵色追求者权子墨阴差阳错的助攻下，叶承枢与顾灵色一吻定情，两人感情迅速增温。然而因为商业利益两人的关系变得扑朔迷离，一场阴谋悄然而生……
民国初期上海，罗珊珊（甄锡 饰）从日本学习犯罪鉴证回来，成为巡捕房第一位女探长。对于她而言最重要的任务是查清五年前父亲罗成（侯长荣 饰）的失踪之谜。巡捕房给罗珊珊安排的搭档正好是父亲当年的徒弟、新任探长刘梵希（欧阳震华 饰）。罗珊珊偶然发现父亲的一本记录，暗示五年前断手案的幕后策黑手就是商会大佬许绍麟和巡捕房督察长范德威（方子哥 饰）。此时，新断手案接二连三出现，一个又一个谜团等罗珊珊和刘梵希去解开。
董得起，绰号“董古董”开了一家“梦古斋”古玩店，但他对古玩玉器的鉴识却一知半解。他花高价收购的“慈禧棺盖”、“袁大头”和号称金沙遗址出土的“玉璋”，都被古玩鉴赏家确认是假货，诅咒发誓不再做古董生意。一个乞丐婆婆向他乞讨，他惊奇地发现婆婆手中的土巴碗竟然是宋代钧窑莲花碗，毫不犹豫买下发了大财。他听说玉石生意赚钱，在瑞丽买下一大块石头，谁知又上当受骗。两美国古生物学家发现石头上有珍稀的“三叶虫”古化石，用五万美金买走了那块没解出玉来的石头，董古董绝处逢生。汶川大地震摔坏了店里的古玩玉器，他又成了穷光蛋，而在一只大花瓶里，发现了二十万元人民币和一些美金，董古董知道花瓶的来历，明白这是一笔不义之财，当即把这笔钱捐赠给了灾区，此举感动所有商家，大家踊跃捐款捐物，古玩市场上演了感人的画面。
周怡（顾永菲 饰）身居高位，是运新市的副市长。副省长的儿子李小兵涉嫌走私锒铛入狱，为其奔波走动的重担自然落在了她的肩上，这让周怡感到不堪重负。工作上一团乱麻，周怡的家庭亦陷入了水火不容的境地，一天她回到家，丈夫项伯远竟然向她提出了离婚。第二天早上，项伯远死了，这离奇的死亡让大女儿项青（陈瑾 饰）内心疑虑重重。 公安局副局长马维民（白志迪 饰）敏感的差距到项伯远的死并不单纯，于是派出了司马克（陈宝国 饰）隐藏起了真实身份打入项家内部。随着调查的深入，司马克发现利基公司的总经理和李小兵的贪污案有着千丝万缕的关联。
记者出身的大小姐沈君怡在战场上目睹儿 童的苦难，毅然投身战时儿童保育会的救 助工作。她与国民党部队连长、真实身份 是中共党员的方鉴明邂逅，方鉴明果断出 手解救沈君怡于危难之中。而此时沈君怡 已经退婚的“前未婚夫”高自尊——一个坏 到骨子里的小人也来到保育院。 一心想 回部队打鬼子的方鉴明，因为组织的安排 、儿童的安危和沈君怡的死缠烂打，不得 不带着数百难童和老师躲过日军的追击和 飞机轰炸，克服饥饿、疾病等重重困难， 从徐州到十堰，从宜昌到重庆，一路险象 环生。方鉴明的英勇机智赢得了大家的信 任和崇敬，沈君怡与方鉴明不打不相识， 感情越来越深。而妒火中烧的高自尊越来 越仇恨方鉴明。 高自尊和保育院会计张娇荣虚报难童人数 ，冒领救济款，栽赃到方鉴明和文香身上 ；同时借国民党中统之手将方鉴明、董家 祥押入死牢。沈君怡赶赴重庆拼死相救， 在方鉴明即将行刑之前拿到了宋美龄的特 赦令。为救回被土匪抓走的孩子，保育院 单纯美丽的文香只身闯进土匪窝换回孩子 ，美丽地死去。在端掉土匪窝的战斗中， 董家祥等多人壮烈牺牲。高自尊在事情败 露后打死张娇荣企图逃跑，被昔日的未婚 妻沈君怡亲手击毙。 一九四零年春天，方鉴明接到命令，带着 已经成长起来的几个孩子回到了部队。临 行前向沈君怡大胆表白我爱你！一九四四 年方鉴明在参加远征军的战役中不幸殉职 ，时年三十八岁。 沈君怡一直等着方鉴明，终生未嫁。解放 后，从事儿童教育工作，一九八八年春天 ，在重庆与世长辞，享年八十一岁。 沈君怡没有生育，但有三百多个孩子一直 叫她妈妈。
