请吃红小豆吧！

　　决定历史命运的鸟羽伏见之战，在维新军的强大攻势下，幕府一方兵败如山倒，纵使心有不甘，云集了诸多高手的新选组也不得不在历史潮流的面前低头，吞下战败的苦果。在某个夜晚，雪村千鹤（桑岛法子 配音）目睹了土方岁三（三木真一郎 配音）被罗刹之血所折磨的痛苦一刻。另一方面，战胜者渐次逼近江户，新选组必须在此之前撤出江户，前往会津。风云突变的紧要关头，土方岁三不辞而别，冲田总司的健康状况已经到了崩溃边缘，而近藤勇（大川透 配音）也传出了即将问斩的消息。
　　曾经风光一时的新选组，在时代更迭的浪潮中迎来了黯然的落幕时刻……

小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。 　　然而，让小智没有想到的是 ，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中现身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻现身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的答案。

从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。
　　在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。
　　吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。

　　故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。
　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。
　　然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。
　　在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。
　　而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……
　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———
　　所有的答案，都在「Link Vrains」中

故事发生在静冈县沼津市海边的小镇、位於内浦的私立浦之星女子学院。在这间骏河湾一隅的小小高中里面，以2年级的高海千歌为中心的9名少女，怀抱著远大的梦想挺身而出。那就是，要成为闪闪发光的“学园偶像”！只要努力不懈梦想一定会实现──。现在只需要朝著那闪耀的目标，奋不顾身地勇往 直前就行了！ 从此，少女们“ 大家一起实现的故事”（学园偶像计划）就此展开！