本剧主要讲述了在澳门正规经商的两大集团经过多年打拼，经营产业逐渐壮大，然而由于经营疏忽，让日本经济势力乘虚而入，市场规则受到严重干扰。面对这一困境，如何击败外敌，重振雄风，两大集团最终选择团结一心，联合警方成功抵制境外黑暗经济势力维护国家经济秩序的故事。
《谍海追踪》作为当代反窃密、防泄密，展现我国国安人员为捍卫国家安全与境外间谍生死较量的电视剧，极其注重剧作的合理性与事件的逻辑性，故事情节跌宕起伏，矛盾冲突一触即发。同时该剧融入不少“烧脑”情节，黑客、间谍等独特亮点元素也在其中，是近年来谍战剧中难得的诚意之作
纳净云从警宫大学研究生毕业，分配到东环市公安局。在回来的火车上他三拳两脚打跑了调戏姑娘的几个流氓，并因此结识了漂亮的女记者王彤。纳净云自己要求去重案组做了一名普通刑警。他认为六年寒窗，完全可以凭借丰富的理论知识在刑侦战线大显身手，一鸣惊人。没想到已有四十年警龄的探长王贵金安排重案组女侦察员周菁芳做纳净云的搭档……
即将从警校毕业的秦川和另两个同学被选拔进特案组，第一次出任务便惨遭重创，一死一伤。经领导和战友力保，秦川留在特案组，被派往金三角配合程建邦行动。不料行动中阴差阳错，本应是配角的秦川代替程建邦成了任务主角，进入监狱接近了目标，成功潜入金三角卧底。金三角势力错综复杂，风云变幻。毒枭以兄弟情义迷惑，令人黑白难辨。毫无经验的秦川凭借坚定的信念一路闯关，与暗中配合的战友一起出色完成了任务，及时传递回关键情报，我警方得以在边境截获上千公斤的毒品。遗憾的是战友宁志在撤退前牺牲。宁志埋骨在异国他乡，秦川始终无法释怀，终于找到机会与程建邦重返金三角。最终秦川和程建邦拿到毒枭在内地开设制毒工厂的关键情报，再立新功，阻止了毒枭在内地建立制毒工厂的阴谋。
