林伽林德——这片土地是被墙壁包围起来的世界。墙壁将这片土地覆盖、守护、哺育、培养。墙壁即是神——是这片大地，林伽林德的根基。某天，在林伽林德边境之地「艾泽村」出现了一位神秘男子「巴克·亚罗」。亚罗失去了记忆，却唯独知道自己是「从“墙壁外”来的」。亚罗为了取回记忆而以墙壁之外为目标，却逐渐被卷入围绕着自身的争斗当中——
近导游悠是住在加贺国金泽市的15岁少年，初中三年级。 游悠有着洞察他人内心的能力，但被人拜托就没法说不的性格令他十分烦恼。 某一天，被要求迎合姐姐们的兴趣的游悠，因为无法继续忍受而冲出了家门。 将那样的游悠救下的便是大仓惠。 惠邀请游悠前往了伙伴们的据点——夜晚的游乐园「ワンダヒル」。 在游乐园集结的惠、石龟座草、濑户冬毬，是会整夜享受先导者的「blackout」的成员。 然后今夜将会举行的是黑视队的队长桃山团治、与被谜团包裹着的强豪斗士江端透也赌上队伍旗帜的动真格的对战。 在游悠的注视下，卡片对战在不知不觉中被想象的世界所吞噬。 游悠就这样与先导者相遇了，他被游戏的魅力和至今从没见过的世界以及伙伴们深深地吸引了——。
故事发生在一个名为“迷路镇”的小镇之中，在这里，居住着很多以占卜为职业的占卜师，他们被称为“Urara”。活泼可爱的少女千矢（原田彩枫 配音）千里迢迢来到迷路镇，她希望能在这里见到一直都在寻找的母亲，在这座拥有着神奇力量，因缘交汇的小镇，千矢的梦想能够化为现实呢？ 出生于名门茶屋的巽绀（本渡枫 配音）、含着金汤匙出生但格外平易近人的千金大小姐雪见小梅（久保由利香 配音）、胆小害羞，擅长操纵人偶的枣乃乃（佳村遥 配音），千矢在迷路镇和这三位可爱的少女相遇了，志同道合的四人一拍即合，共同朝着目的地枣屋进发。
网文作家赖晓光无意间进入了一个名为“上帝之手”的虚拟世界中。在这个奇幻的世界里，她变成了狼人大牛，并被卷入到了一起国宝失窃案中。为了调查真相，她不得不和羊王旺财一起踏上了旅程。
一次车祸让远野志贵（铃村健一 配音）拥有了能够看到“死之线”的能力。死之线是一些遍布在各种物体上的线，只要沿着它切割，就能轻易的摧毁物体，这种能力让志贵苦恼不已。一日放学的途中，志贵遇见了一名白衣女子，体内突然产生的杀意让志贵措手不及，还未反应过来便将女子切成了碎片。第二天，本该死去的女子却站在志贵的面前，她告诉志贵，自己叫做艾尔奎特（生天目仁美 配音），是拥有不死之身的吸血鬼，一直追踪并企图消灭死徒罗阿（三宅健太 配音）。志贵的攻击让艾尔奎特的身体极度衰弱，因为，在恢复之前，志贵必须肩负起保护她安全的职责。 在目睹了罗阿的暴行之后，志贵决定加入消灭罗阿的队伍中去。同时，教会的雪露（折笠富美子 配音）也同罗阿有着难解之仇。在追踪罗阿的过程中，志贵渐渐发觉有一些非比寻常的记忆正在脑海中苏醒，一直坚信着的自己的过去，竟然是一个骗局。
小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！
