明治45年，新日本进入高速发展时代。实业家涉泽荣一（勝新太郎 饰）请来阴阳师平井保昌（平幹二朗 饰）以及物理学家寺田寅彦（寺泉憲 饰），请求他们安抚因叛乱而被杀的平将门的怨灵，并借助这股灵力推行“东京改造计划”，试图自此建立一个武备完全的军事帝都。然而神秘的魔人保宪（嶋田久作 饰）却扰乱了涉泽的计划，他企图唤醒平将门的怨灵，进而摧毁东京。为达目的，加藤找到平将门的后裔——美丽的少女辰宮由佳理（姿晴香 饰）充当灵媒。一时间阴风阵阵，愁云密布，东京危在旦夕。为了保护帝都，上至军人政客，下至作家文豪纷纷行动起来……
　　本片根据荒俣宏同名原著小说的1~4卷改编。

　　故事发生在美丽的志摩市。因交通意外失去母亲的小男孩相泽透，一天在好奇心的驱使下，在海岛上找到一块闪烁着红光的石头，上面还有一枚蛋。刚握在手里，从蛋里竟孵出一只小乌龟来，为了纪念母亲生前对他的昵称，小透给小乌龟起名为“透透”，并瞒着父亲孝介把透透养在家里。
　　平常在家里不爱说话的小透，由此一天天的开朗起来，这让孝介感到惊讶而欣慰。然而，事情并没有这么简单，这并不是普通的小乌龟，它不但生长速度惊人，而且还懂得制造气流在空中飞行，青梅竹马的邻家女孩西尾麻衣了解到这一切，她告诉小透，透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪兽加美拉。后来，透透长大到实在没法遮掩，小透便把它搬进了海边一个秘密小屋。
　　麻衣原来一直有心脏毛病，翌日她将要到名古屋的大医院动手术。得知此事，小透决定要送给麻衣当地流传能带来好运的绯红色守护石，而这块守护石，正是透透出生时那块发出红光的石头窝，麻衣为此向“两个小透”都表示感激。
　　一天，小屋里的透透突然不见踪影，小透正要四出寻找，一头凶恶的蜥蜴怪兽积达士出现，不仅在市镇上大肆破坏，还掠食人类。孝介赶到现场，打算带儿子和他的小伙伴脱离险境，却不知积达士已经在背后张开了血盆大口。千钧一发之际，一个庞大身影闪过将积达士撞开，果然，透透就是年幼的加美拉。
　　只有成年体型四分之一的透透，经过苦战一场，终于把积达士打入大海，而自己也耗尽了力气，被政府内阁官员带同巨型生物审议委员会抓走，小透却只能眼睁睁的看着透透被军方押送离开。不过，坏消息随后带来了一个好消息：麻衣的母亲来电告诉小透，女儿的手术顺利完成，奇怪的是，麻衣在梦中却一直念叨着要把守护石还给透透。
　　学者雨宫本想对加美拉进行催长手术，好让它尽快长大足以抵抗恐怖怪兽的袭击，没想试验还在进行的时候，积达士再次在名古屋登陆，直接给研究所杀了个措手不及，成长不完全的透透，也只好再度迎战。而此时的小透，正在赶往名古屋的路上，他明白到守护石必须回到透透身上，才能让透透发挥出最大的力量。
　　可是小透徒步实在太慢了，麻衣也心急如焚要亲自送守护石回去，却被父母和医生劝阻，透透面对积达士完全没有还手之力，这下子可危险了……！

　　在奥内米斯王国里，有一支本应担任宇宙探险飞行的军队——王立宇宙军。但由于种种因素，他们始终只是一支无所作为的军队，甚至被其他军队视为废物。原本安于现状，只是在军队中混日子的年轻士官希洛兹（森本玲夫 配音），与美丽的少女莉库妮（弥生みつき 配音）邂逅，被她的单纯与虔诚所吸引，逐渐开始改变自己的人生态度——成为第一个探索宇宙的人，让“王立宇宙军”成为名副其实的宇宙探索者。
　　但现实是残酷的，奥内米斯王国内部的腐败使他们的信念一次次受挫，似乎人们都更关注于地面上丑陋的斗争，虽然王立宇宙军最后得到了飞行的机会，但那确是帝国内部的阴谋，企图牺牲希洛兹搭乘的火箭，以作为和邻国开战的借口。即便这样，希洛兹还是坐上了火箭，他能否看到太空中的日出呢……

　　1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。
　　专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。
　　寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……

　　远在人类文明15,000年前，地球上的高智能哥斯麽族就被两只大昆虫型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毁。而在一次山崩後，现今日本的伊房岛上却将埋藏在地下的摩斯拉巨蛋发掘来。其後三只史上最强大的怪兽—哥斯拉、摩斯拉及巴特拉碰头对决，虽然大怪兽摩斯拉及巴特拉联手成功将哥斯拉封印在海中，但人类的危机却并未解决，因为一颗超巨大的陨石将撞向地球…

　　1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上……

　　丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。
　　其实这片遗迹是妖精族留下来的，在此地还 封印了一个叫做帝斯基多拉的宇宙怪兽。6500万年前从外星而来的它毁灭了一切植物，导致了恐龙灭绝，而那枚盾牌正是用来封印怪兽帝斯基多拉的。
　　对此毫不知情的裕一将这枚盾牌带回了位于都内自己的 家并把它作为挂饰送给了自己的女儿，然后自己又返回到了采伐现场。黑色妖精贝拉贝拉飞来抢夺这枚盾牌并与对立派莫儿、罗拉姐妹展开了盾牌争夺战。在被莫儿、罗拉姐妹告知盾牌和封印的由来的后藤一家与莫儿、罗拉姐妹一起准备前往纹别。但在纹别的却出现了一块巨大的岩石。在后藤一家的协助之下罗拉姐妹夺回了盾牌，但是怪兽帝斯基多拉却从岩石中复活了。它像恶魔一样恐怖。为了打到怪兽帝斯基多拉，莫儿召唤来了摩斯拉。但是摩斯拉刚刚产完卵，寿命不长的她和怪兽之间陷入了苦战。为了助自己母亲一臂之力早产的 幼虫通过自己的丝和光线支援母亲作战。
　　摩斯拉不断挑战怪兽，使水库决堤成功的将怪兽逼到了对岸，但是摩斯拉拼尽了全力最终沉入了海底。在这之后，幼虫在屋久島充分吸收了森林的能量新的摩斯拉再次诞生了。于此同时怪兽也已经重新恢复到毁灭地球时的完 全状态，新的摩斯拉与怪兽再次交战，他以压倒性的力量和优势再次将怪兽封印到了地下。此后，摩斯拉让被怪 兽烧掉的已成荒芜的北海道瞬间重获绿色，并和莫儿、罗拉姐妹一起返回到了家乡。

　　故事发生在《奥特曼传奇》之后，打败海帕杰顿、体内还蕴含着高斯和戴拿力量的赛罗来到怪兽墓场。侵略者百特星人召集宇宙地狱四大兽士：EX雷德王、贝蒙斯坦、伽汝布斯、眼Q跟赛罗进行战斗。利用新力量的赛罗轻易打败四大地狱兽士，但是吸收了四大地狱兽士力量的百特星人利用皮古蒙的死威胁赛罗，最后赛罗利用新的力量分身变成强力日冕赛罗和月神奇迹赛罗打败百特星人并成功救出皮古蒙，并与究极武装赛罗一起离开怪兽墓场。

　　卡美拉与卡欧斯决战后的冬天，北海道降下流星雨，其中一颗坠落在支笏湖南西方约一公里处，陆上自卫队第11师团随即派出化学防护小队，渡良瀬佑介二佐与花谷陆尉深入调查，发现到了是陨石坠落。
　　五天后，事件的原凶开始现身，札幌市地下铁的电车在隧道内被不明生物攻击，北海道札幌市的薄野出现巨大植物，巨大植物窜出一群体长3m，类似昆虫的甲壳类生物。
　　怪虫(Legion)与植物是与流星一起飞来的地球外物体，两者属共生关系，Legion会借由啃食硅酮并分泌氧气来制造植物(草体)，在这种高浓度氧的环境下，地球生物绝对无法生存，自卫队决定用爆破处理草体。此时海上自卫队探测到卡美拉往札幌飞去........

　　1999年，长峰博士在赤道附近发现了加欧斯的变异种，同时候在日本西南方的海中发现了卡美拉的墓场。
　　时间回到1995年的东京，因为加欧斯来袭，比良坂绫奈一家人准备离开东京，此时卡美拉受到加欧斯的攻击而落下，在卡美拉起身时破坏了绫奈的家，而绫奈的父母来不及逃出。目睹父母身亡的绫奈，从此开始憎恨卡美拉....
　　时间再拉回到1999年，居住在乡下亲戚家的绫奈饱受同学的欺负，有一天绫奈被同学叫到供奉一个东西叫做"柳星张"的神社，同学要绫奈将里面的东西给搬出来，此时世世代代守护着柳星张的守部家成员守部美雪见到此状，于是偷偷的去告知自己的哥哥龙成，龙成便到神社将绫奈的同学赶走，此时绫奈把东西搬出来，龙成便要求绫奈把东西给搬回去，但是在绫奈搬走东西的原处，两人发现了一个奇怪的东西，两人见状便吓得逃走，到了晚上，那个东西出现了变化，里面出现了一个东西...
　　而在此同时，加欧斯出现在东京涩谷上空，没多久之后一阵爆炸声，加欧斯被击中，并且坠落在涩谷车站，此时卡美拉从空中降落.....

　　哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。

　　青木照（妻夫木聪 饰）在毕业旅行途中所搭乘的新干线遭遇了不明事故，抛锚在了漆黑的隧道之中。同样被困住的，还有青木的同级生濑户雅子（神田沙也加 饰）和高桥伸雄（山田孝之 饰）。三人在等待救援无果之后决定凭借自己的力量走出隧道，却在此过程中遭遇了一连串诡异又可怕的事件，最终，高桥疯了，意志力强大的青木和雅子抵达了隧道的终点。
　　本以为终于可以获救的两人震惊的发现，和隧道里的黑暗寂静相比，外部世界的疯狂和暴力才是真正的可怕所在。整个世界都沦陷了，天地之间一片荒芜的景象，活跃的是激进的自卫队和早已经变异扭曲的前人类。

　　数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。
　　此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
　　就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。
　　就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。
　　虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....

　　近未来，由于核电站爆炸，日本国土大半笼罩在重度核辐射的威胁之下。危急关头，日本政府被迫作出“弃国宣言”。与之相对，国际社会迅速制定了联合避难计划，日本国民按照名单的先后次序相继逃亡海外。作为难民的谭雅名次比较靠后，可她的身体情况又十分糟糕。在她的身边，童年时代的知心好友列欧娜也被留在这片绝望的土地上。人们一个一个地减少，而两位好友也迎来了说再见的时刻……

　　C.E.75 ，战斗还在持续着。
　　来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……
　　为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS　成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。
　　就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。

　　园田真理、菊池启太郎的侄子条太郎、海堂直也与不知何时回来的草加雅人，一同经营着“菊池西洋洗涤铺”，同时也为俄尔以诺提供庇护。
　　而由政府重组的智脑公司已转变为一家旨在消灭俄尔以诺的公司，由北崎领导。
　　某天，为拯救被追杀的俄尔以诺，草加与海堂变身为假面骑士凯撒和蛇俄尔以诺，与消灭俄尔以诺小队的队长胡桃玲菜交战。
　　在那里出现了消失数年、下落不明的乾巧。乾巧变身为全新形态——假面骑士次世代555（暂译），作为智脑公司阵营的头部战力，与真理等人对战。
　　遭到攻击的真理等人都对此感到不解。乾巧为何会出现在智脑公司？失踪至今都在做些什么……
　　这一戏剧性的重逢，拉开了俄尔以诺与人类故事的新篇章……

　　神猴哈奴曼和奥特曼六兄弟联手打怪兽，故事发生在泰国。

　　宝石が謎の生物によって奪われるという事件が多発した。それは、炭素を主食とする宇宙生物・ドゴラの仕業であった。巨大なクラゲのようなドゴラには、地球上の如何なる兵器も通用しない。だが唯一、ドゴラに対抗できる手段が見つかった……。

　　常に宇宙最強の相手を求めて銀河を旅する武芸者・オメガが地球にやってきた。宇宙刑事シャイダーを倒すために...。オメガは全身が武器のような恐ろしい男で、彼の手にかかって命を落とした宇宙刑事は少なくない。そして、そんなオメガをフーマが見逃す訳はなく、早速手を組むこととなった。パトロール中の大は黒マント姿のオメガに襲われる。オメガは大に一対一の真剣勝負を挑んできた。過去にギャバン、シャリバンに敗れたオメガはシャイダーを倒すことに執念を燃やしているのだ。一方、フーマの行動隊長ヘスラーもオメガより先にシャイダーを倒すべくギャル軍団を率いて作戦行動に出る。宇宙刑事シャイダーは今や、前面にオメガ、背後にフーマ軍団という二つの強敵を相手に戦わなければならない。シャイダーと銀河最強の男・オメガとの一騎打ちの時が迫る。（C)東映