在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。
　　宇宙历0156年，地球联邦政府经历了与祖母星格兰地玛斯有史以来的第四次接触（4th note），也正是从这一年开始，联邦政府与【梅杜斯子民】之间的对抗正式拉开帷幕。
　　战争永无止境，牺牲不断增加……
　　为了打开战局，联邦政府派出一名英姿飒爽的青年加入战局。年轻人名叫斯巴鲁•一之濑，不仅长相帅气、成绩优异，而且是宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员。
　　全人类的希望都寄托在他的身上。
　　——然而，他实际上是个难以融入提拉米斯舰内集体生活，整日将自己关在专用机“杜兰德尔”驾驶舱内的“窝里蹲”……

　　在好友风间彻（真柴摩利 配音）的邀请之下，野原新之助（小林由美子 配音）、妮妮（林玉绪 配音）、阿呆（佐藤智惠 配音）和正男（一龙斋贞友 配音）来到了名叫“天下春日部学院”的超级精英学校中进行为期一周的体验入学，风间希望自己能够通过这一周的优秀表现来获得这所学校的入学资格。
　　在天下春日部学院里，有一套非常严格的评分系统，每个人所佩戴的徽章严格的监视着所有学生的一言一行，如有不慎就会遭到扣分的处罚。在和不求上进只管捣乱的小新大吵了一架之后，风间跑进了矗立在学校内的钟楼里，第二天，风间被发现晕倒在钟楼里，屁股上有一个印记，等他醒来之后，众人震惊的发现，风间变成了笨蛋。就这样，“吸皮皮鬼”的传闻在校园里流传开来。小新一行人决定调查事件的真相，并且找到让风间恢复原样的方法。

　　故事发生在十九世纪末的伦敦，彼时对于尸体的研究已经到达了极致，死亡并非一切的终结，那些灵魂消散肉身却永存的人们被称为“尸者”，被视作廉价而又高效的劳动力。华生（细谷佳正 配音）是一名资历优异的医学生，他的好友Friday（村濑步 配音）死于非命，追寻着好友生前的意愿，华生违反政府规定私自将其制成尸者。
　　华生的这一举动令他被卷入了名为“沃尔辛厄姆”的谍报机构中，和Friday一起，他们踏上前往阿富汗的旅途寻找《维克多手记》，手记的主人是弗兰肯斯坦博士，手记中记载了制造拥有意识的尸者The One的方法，而目前最有可能拥有手记者，是一位名叫卡拉马佐夫（三木真一郎 配音）的牧师。

　　在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。
　　宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。
　　小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事——。

　　故事发生在名为“MERMAID”的人工岛上，处女守（井泽美香子 配音）被送往了这座小岛之上，却在刚刚登岛没多久就遭到了袭击，在生死攸关的紧要关头，一位名叫敷岛魅零（井口裕香 配音）的金发美少女登场，然而，敌人实在太过于强大，就算是魅零也渐渐感到力不从心，就在这节骨眼上，魅零竟然吻了守，让守不敢相信的是，自己竟然化身为了一柄长刀成为了魅零的武器，两人合作战胜了敌人。
　　原来，在岛上还生活着许许多多和守一样的人，个性大大咧咧的守财奴樱美凤（久保由利香 配音）、英俊潇洒的柊晶（芳野由奈 配音）、我行我素不受管制的莲实玲音（大西沙织 配音）等人，他们的共同目标只有一个，就是离开这座岛屿。

　　在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。
　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，
　　栖息着奇妙奇怪的生物们，
　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，
　　陆续得到了“探窟家”的名号。
　　住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
　　梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。
　　某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，
　　莉可决定潜入阿比斯深处。
　　被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，
　　也为了寻找自己的记忆而决定同行。
　　莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。
　　救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。
　　娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。
　　在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

　　延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。

　　小学六年级的小织，在父母车祸双亡后被经营温泉旅馆「春之屋」的外婆收养，也开始了她的小女将修行之路。少根筋又冒失的她，时常被敌对旅馆同龄之女秋野真月嘲笑。但生性乐天的小织，在旅馆里的幽灵小卖、美阳及铃鬼鼓励之下，努力地招待每位客人。是一部温暖且欢乐的女孩成长记。

　　死を知り、死を見つめ、死と向き合う。さまざまな出会いと別れを繰り返し、その度に、成長を遂げてきた結城理と仲間たち。その戦いは、世界のためではなく、自分自身のためだったのかもしれない。それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、理が下す決断とは……。