此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。
　　此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。

　　很久很久以前，在原始的混沌之海中，从无边的黑暗中诞生了唯一一个纯真的意志。这个意志所产生的力量，让原本一片虛无的混沌之海发生变化。她如造物主般分出了无数世界，这些世界是由无数石柱一般长杖支撑在混沌之海上。她，是这世间万物的母亲。因此，有了神，有了魔，也有了人类。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战，魔为了争取长杖毀灭世界而战……by:m.yakubd.cc

　　隶属于BASS的佣兵克里斯（凯文·道尔曼 Kevin Dorman 配音）奉命前往某处洋馆调查武器走私案件，哪知道在那里遇见了国际通缉犯格伦（约翰·德米塔 John DeMita 配音），两人交手数回合之后，格伦夺路而逃。
　　大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。

　　故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。
　　个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。

　　故事发生在1928年的美国，蓬勃的经济发展带来的不仅仅是更好的生活，一些肉眼无法看见的邪恶也在暗中滋生着。罗塞特（川上友子 配音）是马格达拉修道院的修女，同时，她也是一名怪物猎人。为了获得力量，罗塞特与恶魔克罗诺（石田彰 配音）结下了“怀表契约”，他通过吸食罗塞特的生命来维持自己的形象，在战斗时，更是能以生命为养料发挥出超强的战斗力。
　　罗塞特明白自己命不久矣，但她有一个心结必须在死前解开，那就是她的弟弟约书亚（皆川纯子 配音）。一次意外中，约书亚和罗塞特被迫分离，而这些年来罗塞特一直都在寻找弟弟的踪迹，她能在死前与弟弟重逢吗？就在罗塞特为了亲情奔波的同时，克罗诺的内心也进行着痛苦的挣扎。

　　故事发生在名为青鞜三之宫学院的学校里，这是一所校风非常严谨的学校，崇尚男卑女尊的风气，在学校里，所有的苦活累活都是男生做的，女生天生就站在食物链的顶端。不仅如此，学校里亦拒绝聘用男教师。
　　天和响（岸祐二 配音）是刚刚从大学毕业的热血青年，鼓足了劲想要在教育界大展拳脚。为了付清房租，天和响必须在三之宫学院找到一份工作，在房东老太太的建议之下，他决定男扮女装，潜入学校之中。最终，天和响顺利的得到了体育老师的工作，但这只是一切的开始，等待着他的，除了无尽的问题和挑战外，还有对他虎视眈眈的校长。

　　分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。
　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。
　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。
　　兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。